В 1960 г. на основании приказа министра Высшего и среднего специального образования за № 529 от 7 июля была открыта кафедра политической экономии ЯГУ. В декабре 1992 г. она была преобразована в кафедру «Экономической теории» и включена в структуру создаваемого экономического факультета, преобразованного позже в Финансово-экономический институт ЯГУ, а с 2010г. СВФУ.

Первым заведующим кафедрой был к.э.н., доцент Варламов И.Ф. В последующие годы заведующими кафедрой работали: доцент Габышев К.Е., доцент Филиппов Е.И., д.э.н., профессор, академик РАСН Томский И.Е. В настоящее время заведует кафедрой д.э.н., профессор Попов А.А.